Есть два паспорта. Оба действуют. В одном шенген, в другом нет. Влетал в Турцию по паспорту где нет шенгена, на какой паспорт покупать билет в данном случае из Турции в шенген?

Из Турции вылетайте по которому влетели, и покупайте билет на этот же паспорт(в аэропорту если будут вопросы достаете паспорт с Шенгеном как доказательство , что вы имеете право посещать страну направления) В пункте Б достанете паспорт нужный уже вам в аэропорту.