Подскажите откуда ходят маршрутки и ходят ли вообще? нужно в Чолпон-Ату добраться.

От Восточного автовокзала уезжают такси(место 500 сом), или маршрутки (350). Также есть автобусы.

Если не обязательно именно маршрутки, то зимой ещё запустили автобусы полноразмерные от площади победы. Есть приложение gobus, там расписание и билеты можно купить онлайн.