Хотим с женой прилететь в начале марта из Казахстана в Молдову, но у меня паспорт российский, у нее молдавский. Могут ли возникнуть проблемы?

Могут возникнуть проблемы. С другой стороны у вас жена молдованка, должно помочь.

Документы подготовьте - паспорт рм жены, свидетельство о браке, адрес проживания на территории рм. Могут спросить где/кем работаете. Рекомендация (по личному опыту): пусть жена первая проходит погран контроль, и сразу скажет пограничнику, что муж - гр. рф. Затем, когда Вас вызовут на допрос к безопаснику, пусть идет сразу с Вами.