если вариант из Вильнюса доехать до Калининграда? И оттуда на поезде до пункта назначения в России. В Калининграде не могут отметить на погранпропуске?

У меня друг гражданин Литвы, живет в Москве Летает Москва-Калининград, а оттуда в Литву на автобусе Маршрут выбирает специально, чтобы не связываться с Беларусью.

Звучит логично.

Тогда автобусом до клд. Штамп на границе поставят. И лучше самолётом в мск, потому что могут не продать билет на поезд.

Нет, поезд всё-равно идёт по земле, пока он только для граждан России и Беларуси. Но из Калининграда можно без проблем улететь в Россию на самолёте.