Подскажите пожалуйста, время в пути 6 часов на автобусе Нарва-СПб, это вместе с прохождением границы или только время в пути?

Везде так указано. На сайте у люкса приписка: «NB! В связи с длительными погранично-таможенными проверками, автобус прибывает с задержкой. Закладывайте больше времени на пересадку! ».

Указывается время движения автобуса из пункта "А" в пункт "В". Время прохождения границы зависит от множества факторов, его нельзя просчитать, поэтому время на прохождение закладывайте дополнительно с запасом.