если ехать в поезде из Португалии в Испанию (и наоборот), паспорта проверяют? Штамп ставят о въезде в Испанию?

Внутри стран Шенгена никакие штампы не ставятся. Испания - Марокко на пароме, если нужен штамп. Но самостоятельно, если туром, то штамп могут не поставить. И вообще Испания сейчас дает короткие визы в основном, независимо от въезда.

Штампы не ставят, паспорта могут иногда проверять, но не всегда на визы, чаще просто на наличие. Редко могут и визы проверить, в ковид вроде смотрели.