если я, гражданин Израиля и РФ, вылетел в Россию через другую страну в июне, после включения РФ в черный список, но до новостей про штраф (ничего не знаю про закон), могу ли я сейчас вернуться напрямую из РФ или лучше окольными путями?

Можете прямыми путями,

Думаю проблем не будет. По крайней мере никто не написал, что были проблемы.

Думаю можете. Мы на прямую вылетели 6 июня и вот 19-го июля вернулись. Штраф это для тех кто бумажку подписывал с обещанием туда не летать.