Подскажите пожалуйста где оплачивают штраф за просрочку в новом аэропорту Стамбула?

Уточните на стойке информации, где находится миграционная служба, оплачивают там.

Рядом с паспортным контролем почти. Если смотреть прямо на паспортный, то Вам направо и до конца прям и так же по правую руку будет миграционный центр, там берете талончик и ждёте.