Подскажите пожалуйста, что с ковидными ограничениями и требованиями, если лететь из Индии на Бали, через Бангкок ? Нужны сертификаты?

Нужны.

В Индии при транзите может вам понадобиться виза. Сертификат конечно же нужен, ведь вы летите в Индонезию, в требованиях въезда он есть.