Лечу в Испанию с испанским шенгеном с пересадкой в Белграде. Обратно маршрут самолетом в Хельсинки, там автобус до Спб. Вопрос: есть ли тут подводные камни?

Вроде нет .

Если в Хельсинки прилетаете из Испании, то подводных камней нет. В ноябре летели примерно так же, только из Парижа. Нигде никаких вопросов не возникло, на прилёте, разумеется, погранконтроля не было. И лично знаю ещё 2-3 человек, которые возвращались так же из разных точек внутри Шенгена.