если пробыл в Турции больше, чем надо ( больше 90 дней) и заплатил штраф при выезде. То: 1. Через какое время можно обратно заехать обратно? 2. Можно ли транзитом через Турцию летать, или тоже могут не пустить?

1 Если нет запрета на въезд, то по стандартным правилам 180 дней. Лучше это вежливо несколько раз уточнить у пограничника) 2 Зависит от нескольких факторов: аэропорта, авиакомпании, наличия транзитной зоны, есть риск, что могут в первой стране не посадить на рейс.