Если есть два заграна, то регистрацию будут ставить именно в тот, по которому приехал в этот раз, или им по барабану, в любой из загранов поставят ?

В тот, где есть отметка о пересечении границы. Но можете попросить и во второй поставить, если у него "срок годности" больше. Это же РА - всё возможно, "по-братски".