Не хочу после 60и дней делать виза ран, хочу просто поехать в Стамбул. Пожить там ещё 30 дней до 90. Какие проблемы могут быть?

С 61го дня пойдёт оверстей. На внутреннем перелёте это обычно не проверяется.

Будет считаться. проблем с внутренним перелетом не будет. нужно будет заплатить штраф на вылете из страны.

Ничего не будет. Внутри страны хоть облетайтесь.