Подскажите, пожалуйста: обратный рейс из Йобурга, хочу прилететь к нему из Кейптауна. Сколько времени заложить на пересадку, с учетом перерегистрации багажа? Три часа достаточно?

Стандартная практика по миру 2-4 часа для domestic рейсов. 3-5 для international. В африке грозы редко бывают, это не тропики. Поэтому метеозадержка не частое явление. Посмотрите на flightradar24 среднюю задержку вашего рейса за неделю/месяц и поймете:) ситуации бывают разные, но в целом, 3 часа должно хватить:)