Можно ли получить национальную рабочую визу германскую в Алматы в Казахстане? Если нужна регистрация/ВНЖ, ее в отеле же не сделают?

Делают. Когда вы приезжаете они через egov вас регистрируют и дают файлик в qr-кодом. Там указано кто и на какой период вас зарегистрировал. Это их обязанность как принимающей стороны. Если вы снимаете квартиру посуточно, то часто они леняться такое делать, т. к. это делает собственник, а сдают риэлторы.