Я правильно понимаю, что по визе D в принципе в шенген должны пропускать по земле без особых проблем?

Да, никто не придирался. С нами были еще примерно 5 человек в автобусе, таких же, кто ехал работать в Германию. Всех пропустили, спрашивали примерно тоже самое.