В Казахстан есть прямые поезда из России? Из Москвы, к примеру?

Астана - Екб был.

Абсолютно все поезда, идущие напрямую между Челябинском и Омском, с тех пор как отменили ковидные ограничения на международный наземный транзит, идут через северный Казахстан, через Петропавловск. Таких поездов, наверное, сотня наберётся. По мне, так до любого крупного города кз проще пересесть в Петропавловске. Есть прямые Омск - Караганда и т. п., но про Москву ничего не знаю.

Есть сколько-то проходящих через Петропавловск. От него можно до Алматы доехать на Тальго, а там на автобусе. Или же на Тальго до Сары-Шагана (опционально далее на пригородном до Шу), а там пересесть на кыргызский поезд (где садиться, зависит от того, какой поезд).

Самара-Бишкек есть поезд.