Как сейчас лучше доехать от аэропорта Иссык-Куль в Бишкек ? Жд дорога работает ?

Лучше на машине.

Маршрутное такси или такси, ЖД работает, но поезд одит один раз а день по расписанию.

Нет, ЖД там нет, ближайшая станция в Балыкчи да и поезд только в сезон ходит. Вариантов 2 - либо выйти на трассу и ловить маршрутку/попутку до Бишкека, либо на такси до автовокзала в Чолпон-Ате, и оттуда на такси/маршрутке в Бишкек.

Нет. На такси, попутка или общ транспорт.