Если я слетаю на пару дней в Астану и потом обратно в Алматы обязательно ли еще раз делать уведомление о прибытии?

В Алматы нет, вам же там наверное сделали на все 90 дней? В Астане да, там где остановитесь на 2 дня, должны сделать.

Если сделаете уведомление в Астане, то по возвращении в Алматы повторно нужно подать, т. к. каждое последующее уведомление отменяет предыдущее.