Подскажите, привязана ли карта постоянного внж Эстонии к конкретному паспорту РФ? Т. е.

Про турникет не знаю, но к паспорту не привязана.

Первый раз с этим паспортом возможно придётся пройти через пограничников, чтобы внесли данные в систему.

В базу биометрических данных, с которой работает терминал, загружены Ваши персональные биометрические данные. Обычно при выдаче нового заграна они обновляются (то есть "снимаются" с Вас заново). Просто ради того чтобы скан-терминал на Вас срабатывал с меньшими ошибками - лучше попросить погранполицейских при первом входе в Эстонию обновить привязку, то есть подгрузить в базу новую биометрию. Полезно взять с собой старый паспорт, который уже есть в системе.

Мне сказали, что просто в след раз пройти через офицера, чтобы внесли данные нового паспорта.