Подскажите, есть ли риски, если арендодатель пропишет к себе квартирантов в Киргизии?

Нет такого. По закону, вы должны зарегистрировать своих гостей по месту жительства. Ответственность несут только они.

Сходите в Госрегистр, поставьте запрет на регистрационные действия.

Наверное не пропишет , а временно зарегистрирует? Если хотите прописать, то проблема только с малолетними детьми. Их нельзя выписать, если у них нет иного жилья. Нужно разрешение Опеки. А регистрируйте на здоровье, вас же тоже кто-то регистрирует, когда вы в РФ больше чем на 30 дней едете.