Подскажите, мы задекларировали $ при въезде, но на декларации написано "действительно 3 месяца" получается если я уже больше 3-х мес. тут, то деньги не вывезти?

Если вьезжали как турист , то нет. Хотя стоит сходить а аэропорт , к начальнику таможенной смены,(сидит внизу, там где прилет) и спросить у него. Если ответ положительный, запомнить его имя и при вылете, при проблемах ссылаться на него.