можно приобрести билеты раздельно на рейсы, скажем, Сочи - Стамбул и Стамбул - Мадрид. И можно смарт-маршрут Сочи - Стамбул - Мадрид. Какая между ними разница? Я имею в виду в случае задержек/отмены любого из двух рейсов?

Если смарт- то лучше брать одной авиакомпании, у них учитываются задержки)

Билеты можно приобрести так, как вам угодно. Нужно выбрать подходящие по цене, времени пересадки, багажу. Если несколько авиакомпаний выбрали, то учтите, что у них могут быть разные нормы провоза багажа. Обычно при создании заказа все написано будет, вы проверьте до того как оплачивать, все ли подходит. Если например , в поисковике написано «с выходом в город», то значит идете на паспортный контроль, получаете багаж, опять его сдаете, опять паспортный контроль. На этот все время уходит.