Подскажите, если в России как ИП оказываю транспортные услуги по патенту, транспорт в аренде, водитель наёмный, доход примерно 8-9000 евро, раз в два месяца примерно или чуть чаще, не будет ли проблем что приход не каждый месяц?

Проблемой будет то что это патент, потому что ваше финансовое благополучие в Португалии в норме оценивается по сумме выплаченных налогов. А вам придётся как-то выкручиваться.

Если вы не оказываете услуги самостоятельно, а просто управляете бизнесом, приносящим доход - это пассивный доход. То, что поступления не ежемесячные - проблемы вам не создаст. Ваш доход будет оцениваться по итогам года - либо на основании патента, где указана предполагаемая сумма дохода, либо на основании КУД, которую вы, как ИП на ПСН, должны вести. Также потребуются заверенные банковские выписки о поступлении средств на счет ИП. И патент, и КУД за отчетный период также должны быть заверены в ФНС, это можно сделать на основании соответствующего обращения в налоговую. Также вам потребуется справка ФНС об отсутствии задолженности по налогам (о состоянии расчетов с бюджетом). Все это с переводом на португальский язык предоставляется в Консульство.