при вылете с Индонезии обратно в Россию, смотрят ли сертификат вакцинации? Он имеется просто истёк срок действия.

Сроки давности не смотрят.

Единственное необходимо смотреть какой у Вас маршрут в сторону РФ.

Для вылета в РФ при транзите таким маршрутом не спросят сертификат.

Точно не нужен. Единственное, в самолете по прилету дают заполнять бумажки, раньше их тетеньки из Роспотребнадзор забирали при выходе, сейчас и их нет... однако, требование заполнить анкету на госуслугах формально в силе, но и на это все вроде забили..