Если поступаешь в аспирантуру в немецкий ВУЗ +стипендию от фонда, но продолжаешь работать удалённо и платить налоги на РФ. То, что я работаю на РФ могут узнать?

Студенты могут работать в Германии. Часто пхд студенты могут устроиться или на кафедру, взять какие-то учебные часы или вообще найти подработку. Это и опыт и хорошие деньги. Смотрите условия финансирования от фонда, если наличие работы на стипендию влияет.