могу ли я совершать междугородние перелёты по Турции пока ожидаю рандеву, туристические дни закончились. Не будет проблем на паспортном контроле или лучше на автобусе передвигаться?

На внутренних перелетах нет паспортного контроля.

Ваше заявление с датой рандеву является документом вашего законного пребывания. Вы в режиме ожидания оформления внж. Это нормально. Можно перемещаться как угодно по стране.