При покупке билета на люкс просят гражданство и тип документа? Еду из Таллина в Питер. Гражданство у меня немецкое. Какой тип документа надо выбрать паспорт или паспорт иностранного гражданина?

Указывали паспорт РФ. Загранпаспорт.

Логичнее указывать загранпаспорт РФ так как таким образом показываете перевозчику что проблем с пропуском Вас в РФ не будет (российская виза Вам точно не нужна).

По какому паспорту поедете, тот и указывайте.