Уехал из Турции ( закончились 90 дней, даже просрочил немного) , купил билет на самолёт из Москвы до Белграда, но с ночной пересадкой в Стамбуле.

А будете ли проходить погран контроль? Если билет один с пересадкой от одной авиакомпании. Есть подозрение, что пойдете в транзитную зону и не будете получать штамп въезда в Турцию и пропустят. Но я на 100% не уверен.

Если единый билет из 2х сегментов, то формально вы с турецкими погранцами и не встретитесь.