Если оформлено ИП в РФ, мой доход будет учитываться как пассивный для визы no lucrativo? У меня розничный магазин в рф, если это важно.

Это считается активным доходом, не пассивным, для no Lucrativo он не будет учитываться. Возможно, вам больше подойдёт виза «digital nomad” если подтвердить дистанционный характер работы. Но консульства пока не принимают документы на эту визу, ждут регламент.

Если магазином управляет наёмный директор, а вы покажите что платите зарплату ему, скорее подойдёт.

Многие ставит в ИП управляющих, и это проходит как пассивный доход. В Питере так точно. В Москве посложнее. Но управляющего нужно поставить официально.