Можно ли приехать в Германию для подачи на гуманитарную визу только по внутреннему паспорту своей страны?

Нет.

Чтобы приехать в Германию по гуманитарной визе, ее нужно сначала получить в загран паспорт в третьей стране То что вы говорите-это возможность подачи на беженство. На беженство можно подать только на территории Германии. Без загран паспорта и визы в Германию не пускают.