Если рейс Тбилиси - сан Пауло с остановкой в Дохе, а далее из сан Пауло другой авиакомпанией отдельным бронированием в Аргентину, в Тбилиси на регистрации потребуют обратный билет в страну гражданства из Бразилии?

Обратный билет в страну гражданства нигде не требуют. Могут спросить билет в 3ю страну или визу , если это актуально . Но так как у РФ с Бразилией нет с этим сложностей то следовательно никому дела нет в Тбилиси останетесь вы или дальше.