Кто-нибудь работал как фрилансер на немецкое юр. лицо удаленно (из РФ или других стран)? Удерживала ли немецкая компания какие-то налоги? Или может кто-то работал по договору найма?

Советую у налоговых консультантов уточнить, есть русскоговорящие эксперты gemagcom. de/.

Если вы фрилансером работаете, то компания ничего удерживать не будет. Проблемы будут с НДС (Umsatzsteuer). Вам нужно будет убедить компанию, что у вас там все чисто. Иначе компанию могут обязать платить этот налог за вас.

Если вы не зарегистрированы в Германии как free lance, то НДС Германии, думаю, не должно быть вашей проблемой. Вы предоставляете услуги за рубежом для немецкого клиента (это как немцу в России что-то продать). За немецкий НДС должен, скорее всего, клиент сам отвечать. Например, если мы заказываем в Германии вещь из зарубежа, то таможня просит заплатить НДС прежде чем получить товар.