Если уже вклеена виза канадская на обычный паспорт загран, можно ли сделать биометрию или будут проблемы ?

Не второй , а новый с биометрий вместо старого.

@Igor: Если старый при этом вы планируете отдать, то ваша виза тю-тю и вам придется подавать на нее по новой. А если вы просто сделаете второй паспорт, то проблем не будет