Подскажите, будет комфортно в самолете лететь до Куала Лумпур в шортах и сандалиях? Или лучше джинсы и кроссовки?

Холодно будет.

У меня бы коленки мерзли в шортах, но в кроссовках жарко)

Лучше штаны, кроссовки и взять кофту. В самолете холодно, если летите лоукостером за плед надо платить.