Если уже IVA не превышал 12500 в Португалии, то надо нулевую декларацию делать или нет?

Смотря какой у вас режим ИВЫ активный - если 53 статья и не меняли - то не надо.

Если 13500 (новый потолок ндс с 2023) не набрали, то не надо декларацию по ндс подавать, если у вас нет экспорта/импорта. IRS подавать нужно в любом случае, даже если не было дохода.