можно ил вылетать из Германии (с паспортным контролем) с шенгеном другой страны ЕС? Есть какие-то вопросы при паспортном контроле на вылете почему через Германию вылетаешь?

Если виза уже была открытая и не нарушен визовый режим, все будет ок. Вопросы стандартные: где были и сколько времени. Финская пятилетняя виза С, влетала из Стамбула в Ганновер- ноль вопросов, обратно аналогично.