Если я поеду на экскурсию в Иерусалим и меня не пропустят, какие могут быть последствия кроме потери денег за экскурсию? В будущем смогу путешествовать свободно?

Как и везде, каждый проход границы решается в индивидуальном порядке пограничником. В израиле отметок о неудачном пересечении в паспорт не ставят, если вы про это.