Ситуация: я в Турции находился 60 дней, выехал из страны и заехал обратно на авто. Т. е у меня осталось 30 безвизовых, планирую подаваться на внж. В моей ситуации когда должен ставить машину на учёт?

Вам не нужно нигде "ставить автомобиль на учёт". При въезде автомобилю дали разрешение на определённый срок. В вашем случае - скорее всего на оставшиеся от вашего безвиза 30 дней. Если в паспорт не поставили специальный штамп, можно уточнить в таможне. После получения ВНЖ идёте в таможню и продлеваете разрешение автомобиля на срок вашего ВНЖ. Скорее всего, вы не успеете получить ВНЖ в оставшиеся 30 дней, поэтому будьте готовы вывезти автомобиль до окончания разрешения. Ездить с просроченным разрешением нельзя. Машину могут забрать на штраф стоянку и выдать предписание вывезти автомобиль.