Если работодатель в Израиле, я как фрилансер могу платить налоги Кипру или надо Израилю?

Если вам как фрилансеру надо что-то платить Израилю - платите. Если есть договор об избежании двойного налогообложения между Израилем и Кипром - можете попробовать зачеть часть уплоченого там в счет налогов тут.