Кто знает, если куплены билеты в разных авиакомпания с пересадкой в аэропорту IST можно ли сразу перейти из зоны прилёта в зону досмотра при наличии он лайн регистрации на второй рейс?

Нет! Это 2 разных маршрута! Вас на транзите развернут. Вам необходимо получить багаж и сдать его снова на новый рейс. Если без багажа то вы должны выйти и зайти снова. Чтобы идти через транзитную зону вам нужно было покупать билет со сложным маршрутом в одном бронировании, если бронирования разные то и условия регистрации разные.

Ну так оно и будет) вы с междунарожнего рейса переходите на внутрений? Если так, внизу будет выход (не из аэропорта, а выход после получения багажа), потом поднимаетесь на 2 этаж и идете сразу на досмотр.