как выгоднее сделать: бронировать отель (на длительное время) через приложения для бронирований или прямо в отеле?

По-разному.

Всегда абсолютно по разному , есть примеры когда на сайте 600-700лир, а на ресепшн 1000 лир за номер, а есть когда на сайте 600, а я в живую договорился за 450.