подскажите, пожалуйста, пмж страны ЕС(Чехии) имеет какой-то вес в Турции в случае переезда или основной документ это только русский загран и нужно будет оформляться, как новоприбывший турист?

Никаких преимуществ никакие пмж в других странах не дают: что в России у вас пмж, что в Чехии, что в Хорватии — турецкому миграционному законодательству без разницы. Все в одинаковых условиях (кроме граждан Республики Северный Кипр разве что)