У меня есть национальная литовская виза D, могу находиться в ЕС до июня и достаточно дохода за прошлый год на ИП в Грузии.

Да, это один из вариантов получения ВНЖ.

С литовской визой D вы наверно можете податься на португальскую номад визу в Литве (если доходов на номад хватает), и этот вариант намного, намного лучше легализации через ИП в Португалии.

По ИП вы будете ~3 года легализовываться.