Если поставить машину на таможенный учет , по возвращению в Турцию ( если оставлял машину тут) , со скольки они работают в аэропорту Ататюрк?

Это две разные процедуры. Уведомление о выезде из Турции. И постановка на таможенный учет. Между собой никак не связанные. Если не уведомляли нужно штраф оплатить. Если на таможенный учет хотите поставить, на срок до 2 лет, это другая процедура.