Подскажите, пожалуйста, если отказало в внж после истечения безвизовых дней, при выезде в итоге потребуют оплату штрафа?

Говорят что отказ не является причиной для неуплаты штрафа.

Да, придется оплатить.

Если укладываетесь в безвизовые дни, то штраф платить не нужно. Если оверстэй, то штраф придется платить. Возможно, если совсем мало дней лишних, то могут «простить». Ожидание пока одобрят или откажут не продлевает безвизовые дни.