Что делать, если в случае при регистрации оплаты на e-devlet долго время не видна оплата? Несколько недель прошло, она так и не появилась. Оплачивала в налоговой.

Если оплачивали до нового года, то нужно было сходить в налоговую и спросить. В 90%, вы пойдёте в налоговую и отмените платёж, вам вернут деньги. Придётся платить налог по новой сумме.