Муж работает программистом в Израиле, контракт с возможностью удаленной работы. Платим налоги в Израиле сейчас.

Ситуация с работой в Португалии следующая: вам не нужно разрешение, чтобы работать, но компании нужно разрешение, чтобы взять вас в штат. Как вариант компания может заключить с вами контракт как с ИП - но тогда вы сами платите все налоги и нет возможности получить рабочую визу и по ней ВНЖ.