Если ехать поездом из Казахстана в Россию, таможенный контроль есть в поезде?

Да, есть.

Таможенной границы нет же. Паспортный есть, погранцы смотрят, ставят штампы. И собачку провели, надо думать, натасканную на вещества.

В поездах идущих между РФ и КЗ есть и собака и человек с зеркалом, который что то ищет....поезд специально останавливают для проверки. В поездах идущих транзитом через Петропавловск есть только пограничник, выборочно проверяющий только выходящих в Петропавловске или заходящих в нем. Контроль проходит без остановки поезда, на ходу. И, по ощущениям, гораздо менее бдительно.