Где делается уведомление о проживании на 3 месяца?

Там, где снимаете жильё.

Уведомление обязан делать владелец жилья, где вы поселились. Но наличие или отсутствие уведомления никак не связано с 90 днями. Они у вас есть в любом случае.

Там, где живёте эти 3 мес.